Филиалите на Съюза са основно звено в организационната структура на Балканския културно-икономически съюз (БКИС) и представляват Съюза в своите страни. Филиалите изпълняват на своята територия и на Балканите всички задачи на БЧИС, определени в неговия Устав.
Филиалите на Балкански културно- икономически съюз сиюз взаимодействат помежду си като самостоятелни юридически лица в рамките на специално създадения за тази цел БИЗНЕС КЛУБ на БАЛКАНСКИ КУЛТУРНО-ИКОНОМИЧЕСКИ СЪЮЗ.
Филиалите се финансират от инвеститори, които се интересуват от реклама, спонсори, които споделят идеите заложени в Устава на БКИС и комисионни начисления след реализиране на проекти между страните от Балканския полуостров и други страни. В същото време филиалите самостоятелно преговарят с производителите и търговски предприятия, участващи в сделки с участието на Съюза, относно размера на техните комисионни такси . За развитието на всеки свой проект, филиалите трябва да информират президента на Съюза за всяка транзакция и да участват, в солидарното финансиране  дейностите на БКИС, насреща ще получат документ – фактура за комисионни начисления.